Фонтан был мощнее Петровского: он обеспечивал москвичам 26 500 ведер воды в сутки и поэтому был особенно популярен у водовозов. Свое официальное название фонтан получил благодаря соседним Никольским воротам Китай-города. А в простонародье его часто называли Лубянским — по наименованию самой площади — Лубянки, Лубянской. У этого же названия новгородские корни: со времен Ивана Грозного в этом районе селили выходцев из Великого Новгорода, где был район Лубяница.
По наблюдениям современников, благодаря удобному расположению Никольский фонтан был особенно популярен у жителей столицы: и днем, и ночью у фонтана выстраивались очереди. «Водовозы вереницами ожидали (...) очереди, (...) и, взмахивая черпаками-ведрами на длинных шестах — над бронзовыми фигурами скульптора Витали, черпали воду», — писал В. А. Гиляровский в 1873 году. Благодаря его же заметкам мы знаем, что у фонтана был специальный кран для виноделов — высокая честь при тогдашнем дефиците воды: «Винные откупщики давали служителям Никольского фонтана взятки за получение без очереди воды. Так как она требовалась для разсиропливания вина в большом количестве, то бочкам винного откупа был отведен на Никольском фонтане особый кран. Было дано распоряжение, чтобы для получения воды откуп пользовался ночным временем. Этим распоряжением были очень недовольны и распорядители откупа, и нижние чины, состоявшие при водопроводе».
На Лубянской площади фонтан простоял до 1935 года. При реконструкции его перенесли к зданию Александринского дворца, в котором тогда был расположен президиум Академии наук СССР, а сейчас — Российской академии наук. Здесь фонтан находится до сих пор в ожидании давно необходимой реставрации. Символично, что сама усадьба в Нескучном саду была построена в середине XVIII века Прокофием Акинфеевичем Демидовым, продолжателем известной династии уральских металлургов. Столетие спустя усадьбу выкупила казна, и главный дом был назван Александринским дворцом — по имени жены Николая I. В 2015 году жителям Москвы предлагали проголосовать за возвращение Никольского фонтана на Лубянскую площадь, но через два года в мэрии сообщили, что вернуть сооружение на историческое место невозможно по техническим причинам.